对于使用实时操作系统的项目，都必须注意临界数据的处理，不管是LWIP，还是FATFS，如果没有使用临界保护，见导致系统崩溃，为此，下面特别说明如何对FATFS进行临界数据的保护。
当对FAT文件系统的写操作由于默写意外而中断，如突然断电，不正确的磁盘移除或不可恢复的磁盘错误，FAT结构可以被毁坏。下面的图片显示了FatFs的临界段。
红色区域的中断会导致一个交叉链接，结果，正在修改的文件/目录可能会丢失。而黄色区域中断可能导致的效果在下面列出：
正在重写的文件数据被毁坏
正在添加内容的文件回到初始状态
丢失新建的文件
一个新建或覆盖的文件保持长度为0
因为丢失关联，磁盘的使用效率变坏。
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