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新京报:欧洲科学家在实验室重组出新冠病毒并激活

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 楼主 | 2020-2-23 10:02 | 显示全部楼层 |阅读模式

论文作者表示,反向遗传学彻底改变了人们对病毒发病机理和疫苗开发的理解。


新京报快讯(记者 李玉坤)一批欧洲科学家利用反向遗传学技术在实验室重组出新冠病毒。


生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为Rapid reconstruction of SARS-CoV-2 using a synthetic genomics platform(利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒)的论文手稿,论文的作者来自瑞士伯尔尼的病毒学和免疫学研究所、伯尔尼大学,以及德国、俄罗斯的科研机构。


论文首先证明了基于酵母的合成基因组学平台的完整功能,可用于多种RNA病毒的基因重建,比如,可以重组冠状病毒科,黄病毒科和副粘病毒科的病毒。论文作者表示,反向遗传学已经成为必不可少的工具,它彻底改变了人们对病毒发病机理和疫苗开发的理解。大型RNA病毒基因组(例如冠状病毒),由于大小和偶尔的不稳定的原因,很难在大肠杆菌宿主中进行克隆和操纵,尽管大肠杆菌确实证明了对克隆许多病毒基因组非常有用,但就组装和稳定地维持包括冠状病毒在内的许多RNA病毒均有缺陷。


为了验证合成基因组学平台是否可以应用于其他冠状病毒,论文作者先用了MERS病毒进行了实验,证明合成基因组学平台适合基因修饰冠状病毒基因组,但合成的MERS病毒与细胞培养的相比,复制能力有所降低。


他们将新冠病毒的基因组分割成12个亚基因组片段,大小在0.5-3.4kbp(千碱基对)之间,同时,他们还希望能制造一种表达GFP(绿色荧光蛋白)的新冠病毒,能够在细胞培养中检测,并促进血清学诊断的建立。结果证明,在克隆新冠病毒方面,他们的克隆系统比大肠杆菌系统更有效,因为大肠杆菌系统在复制其中2个片段的时候有问题。基于该平台,他们在收到合成DNA片段后仅一周的时间内,就对最近流行的新冠病毒进行克隆和复活。


作者表示,如果有了新冠病毒毒株,可以建立血清学诊断,开发和评估抗病毒剂和疫苗以及建立适当的体内模型,这是疫情当下迫切需要的。化学合成方法DNA产生的毒株可以绕开病毒毒株的供应限制,还可以对单个基因进行遗传修饰和功能表征。在新冠病毒第一个基因组序列发布时(2020年1月10/11日),尚未有病毒分离株,直到1月底,澳大利亚的科学家分离出了新冠病毒毒株。他们的这种方法可以成为向卫生部门和实验室提供传染性病毒毒株的替代方法,无需获取临床样本。


新京报记者了解到,1月27日,广东省疾病预防控制中心就成功分离出广东省第一株新型冠状病毒毒株,近日,安徽省疾病预防控制中心应用宏转录组基因测序新冠肺炎病例样本,顺利分离到2株新冠病毒毒株,这是继广东、上海、浙江、北京、湖北之后,第六家分离出新冠病毒毒株的省级疾控中心。


新京报记者 李玉坤

编辑 周博华 校对 何燕


原文网址:新京报官网:http://www.bjnews.com.cn/news/2020/02/23/693630.html?from=timeline&isappinstalled=0



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 楼主 | 2020-2-23 10:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 focuson 于 2020-2-23 15:41 编辑

《新京报》是光明日报和南方日报两大报业集团联合主办的综合类大型城市日报,于2003年11月11日正式创刊。
《新京报》是中国第一次两个党报报业集团合作办报,是中国第一家得到国家有关部门正式批准的跨地区经营的报纸,是一份高度密集覆盖北京市场的强势新主流纸质媒体。2011年9月1日,经新闻出版总署批准,新京报社由中央媒体单位划归北京市管理。 [1]

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这文章读起来好费力。怎么理解新京报这篇文章?

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再次读了两遍一楼的文章。借用软件工程类比 理解如下:


新京报快讯(记者 李玉坤)一批欧洲科学家利用反向遗传学技术在实验室重组出新冠病毒。


生物学论文预发布平台BioRxiv1月21日发表一篇名为Rapid reconstruction of SARS-CoV-2 using a synthetic genomics platform(利用合成基因组学平台快速重建新冠病毒)的论文手稿,论文的作者来自瑞士伯尔尼的病毒学和免疫学研究所、伯尔尼大学,以及德国、俄罗斯的科研机构。


论文首先证明了基于酵母的合成基因组学平台的完整功能,可用于多种RNA病毒的基因重建,比如,可以重组冠状病毒科,黄病毒科和副粘病毒科的病毒。论文作者表示,反向遗传学已经成为必不可少的工具,它彻底改变了人们对病毒发病机理和疫苗开发的理解。大型RNA病毒基因组(例如冠状病毒),由于大小和偶尔的不稳定的原因,很难在大肠杆菌宿主中进行克隆和操纵,尽管大肠杆菌确实证明了对克隆许多病毒基因组非常有用,但就组装和稳定地维持包括冠状病毒在内的许多RNA病毒均有缺陷。


本来传统的 编辑C++程序,编译,产生可执行代码,都是用的 vim+gcc 工具 (传统的在大肠杆菌宿主中进行克隆和操纵 RNA病毒), 我们现在使用了一种新的C++工具 Visual Studio (我们现在使用基于酵母的合成基因组学平台),可以对大型c++源代码进行修改,编辑,编译,产生可执行代码 (可以对RNA病毒进行基因编辑和克隆操纵)

为了验证合成基因组学平台是否可以应用于其他冠状病毒,论文作者先用了MERS病毒进行了实验,证明合成基因组学平台适合基因修饰冠状病毒基因组,但合成的MERS病毒与细胞培养的相比,复制能力有所降低。


他们将新冠病毒的基因组分割成12个亚基因组片段,大小在0.5-3.4kbp(千碱基对)之间,同时,他们还希望能制造一种表达GFP(绿色荧光蛋白)的新冠病毒,能够在细胞培养中检测,并促进血清学诊断的建立。结果证明,在克隆新冠病毒方面,他们的克隆系统比大肠杆菌系统更有效,因为大肠杆菌系统在复制其中2个片段的时候有问题。基于该平台,他们在收到合成DNA片段后仅一周的时间内,就对最近流行的新冠病毒进行克隆和复活。


为了验证Visual Studio 也可以应用于 包含STL标准库的大型程序(验证我们的基因编辑平台适应 MERS病毒等的基因编辑),发现确实可以 (适合基因修饰冠状病毒基因组),但编译成的可执行程序执行时间比较长(与细胞培养的相比,复制能力有所降低),
我们将STL中的 <vector><map><map> 分开到不同子程序,而且希望加入 <sort> 形成一个新的程序 (他们将新冠病毒的基因组分割成12个亚基因组片段,他们还希望能制造一种表达GFP(绿色荧光蛋白)的新冠病毒),能够在Visual Studio中编辑,编译,产生可执行代码,并能曝出程序出错位置(能够在细胞培养中检测,并促进血清学诊断的建立),结果发现,Visual Studio 对STL 库函数的程序编辑编译比vim+gcc 更加有效。(克隆新冠病毒方面,他们的克隆系统比大肠杆菌系统更有效), 因为 vim+gcc 对STL部分程序编译有问题(大肠杆菌系统在复制其中2个片段的时候有问题



作者表示,如果有了新冠病毒毒株,可以建立血清学诊断,开发和评估抗病毒剂和疫苗以及建立适当的体内模型,这是疫情当下迫切需要的。化学合成方法DNA产生的毒株可以绕开病毒毒株的供应限制,还可以对单个基因进行遗传修饰和功能表征。在新冠病毒第一个基因组序列发布时(2020年1月10/11日),尚未有病毒分离株,直到1月底,澳大利亚的科学家分离出了新冠病毒毒株。他们的这种方法可以成为向卫生部门和实验室提供传染性病毒毒株的替代方法,无需获取临床样本。


(这段是关键),如果收到了 其中使用了STL的大型程序的源代码(作者表示,如果有了新冠病毒毒株),使用 Visual Studio 就可以快速评估源代码中的关键程序段,并开发出万一程序跑飞的 catch 代码段(可以建立血清学诊断,开发和评估抗病毒剂和疫苗)。 这个使用了STL的大型程序的源代码 本来在运行的机器中(新冠状病毒本来在患者人体内) ,现在有人已经从运行的机器中分离出来了源代码(澳大利亚的科学家分离出了新冠病毒毒株


所以,一旦我们得到了这个源代码(如果有了新冠病毒毒株),利用这个Visual Studio平台,我们就可以开发出防止源代码跑飞的catch代码程序建立血清学诊断,开发和评估抗病毒剂和疫苗


新京报记者了解到,1月27日,广东省疾病预防控制中心就成功分离出广东省第一株新型冠状病毒毒株,近日,安徽省疾病预防控制中心应用宏转录组基因测序新冠肺炎病例样本,顺利分离到2株新冠病毒毒株,这是继广东、上海、浙江、北京、湖北之后,第六家分离出新冠病毒毒株的省级疾控中心。




记者了解到,除了澳洲。中国广东是第一个得到源代码的(广东省疾病预防控制中心,新型冠状病毒毒株)。




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综上所述。这个文章说的,不是欧洲科学家 凭空在实验室重组得到了 新型冠状病毒毒株(不是凭空在实验室合成得到新冠状病毒),而是使用了一种新的基因编辑重组平台,可以有效的分析新冠状病毒。新冠状病毒还是必须从病人体内分离出来。然后来分析它。




不是学生物或者医学的,读起来有点费劲。



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 楼主 | 2020-2-23 10:32 | 显示全部楼层
本帖最后由 focuson 于 2020-2-23 10:34 编辑


先谈一个媒体不严谨的问题。 2020年2月19日,新浪财经 转载 了‘澳洲财经见闻’ 一篇报道。其中有这样一段话 (文章第二段)

2020年1月29日,墨尔本一家名为“多赫提疫苗及防感染中心”(Peter Doherty for Intection and Immunity)的实验室成功人工培育出新冠病毒,让澳洲成为全球除中国以外唯一一个成功培育该致命病毒的国家。


我看到后大吃一惊。这段话直面意思大家都懂。‘人工培育’ 非常醒目

因为文章开始就说了 转载自 ‘澳洲财经见闻’。查 澳洲财经见闻‘

澳洲财经新闻.jpg

似乎是一个很严肃的澳洲华人媒体。

然后 搜索 Peter Doherty for Intection and Immunity 这个机构


在他们官网,发现他们在1月29日有一篇新闻,说的是 1月24日从一个武汉到达澳洲的新冠患者身上采取了新冠病毒,并在实验室复制成功。
这是中国之外首次。


一般而言病毒必须有载体才能复制自己,比如在人体,如果病毒离开人体,可以存活24小时,但绝不能复制自己


澳洲 Peter Doherty for Intection and Immunity实验室成功的让病毒在人体之外,实验室内,复制了自己(繁殖)。。
所以,压根就不是’人工合成‘


这样,澳洲财经见闻 前面那蓝色的话(人工合成)就是严重误导读者。
新浪财经转载也没有经过核实。


今天发现,新浪财经已经删除了该文章。。


但某些其他媒体转载了。比如 这里: https://www.uwai.cn/%E7%89%B5%E4%B8%80%E5%8F%91%E8%80%8C%E5%8A%A8%E5%85%A8%E8%BA%AB%E6%BE%B3%E6%B4%B2%E6%96%B0%E5%86%A0%E7%99%BE%E5%88%86%E7%99%BE%E6%B2%BB%E6%84%88%E7%8E%87%E8%83%8C%E5%90%8E%E7%9A%84%E8%80%BB%E8%BE%B1/amp/

(这是一家中国国内关注澳洲旅游的私有网站)





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| 2020-2-23 10:41 | 显示全部楼层
focuson 发表于 2020-2-23 10:32
先谈一个媒体不严谨的问题。 2020年2月19日,新浪财经 转载 了‘澳洲财经见闻’ 一篇报道。其中有这样一段 ...

现在真假难辨,冷处理才对。

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| 2020-2-23 11:11 | 显示全部楼层
新京报是一个打擦边球的媒体。特别是最近几年,负面的东西不少,特别是他的自媒体。

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| 2020-2-23 11:41 | 显示全部楼层
"人造病毒"泄露?抢注专利不厚道?武汉病毒所回应zt
https://news.163.com/20/0223/04/F61U3OBK0001899O.html

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| 2020-2-23 13:10 | 显示全部楼层
国内若是有地下医生,实验室复制病毒了就不得了了!

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| 2020-2-23 13:11 | 显示全部楼层
有的治愈了的核酸检测阴性的又复发了,诡异啊!

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