只能简单地讲一下，本人对于linux kernel运行的实际情况也是一知半解，不敢胡说，只能讲讲软件安装的一点东西，下面讲错的还请兄弟们指正。
在linux内核的外面包着一个外壳──shell，用户通过shell来和linux kernel进行交互。要注意的是，shell也是一个程序，而且是一个提供交互界面的程序，也就是说它能够接受用户键入的命令，并且处理命令。对于各种发行版而言，有不同的shell程序，一般有bash，csh等等。linux默认使用bash。关于shell的知识，你可以看看shell版的精华贴。
就软件的安装而言，首先要理解在linux下所有的东西都是以“文件”的形式表示的，那些可以运行的程序有2种，一种是脚本文件，脚本文件由解释程序执行，一般有shell脚本、perl脚本、python脚本等等。另一种是二进制文件，也就是经过编译器编译、联接形成的只有0和1组成的文件（计算机只运行0和1组成的程序），c、java等程序都是这种程序。总之，所有的东西都是以“文件”的形式存在。因此，只要某个程序所需要的全部“文件”都存在于正确的位置上，那么这个程序就可以运行。（这个现象在windows下是不全部适用的，如果你复制某个缺少的文件到windows的系统目录，并不一定能使你需要的程序运行起来。）对程序而言，还有一些是以纯文本形式存在的配置文件，用户可以通过定制配置文件来控制程序的运行结果等等。
因此，linux下安装程序其实是一个很简单的过程。第一种方法，是用编译源代码的方式安装，在gentoo中这种方式接触的最多。它是在本地进行编译，然后把编译好的文件安放到正确的位置上。
第二种方法，就是软件包的安装方式。如rpm、deb等等都是这种方法。它们是由官方、社区等发包方编译软件，然后把所有编译好的文件按一定的方式打包，用户只要下载这个包，安装即可，安装这个包的过程就是先“解包”，然后把包中的所有的文件按照一定的规律复制到正确的位置上。每个包管理机制都是不一样的，但它们的本质是一致的，说到底就是“把文件复制了一下”。不同的包管理机制其实是开发者对linux发行版构建思想的一种反映，有时候也是个性塑造的需要，但实际上是增加了linux用户的学习负担。
最后讲讲程序的依赖关系，上面说了，要成功运行一个程序，就必须在系统中的正确位置上存在这个程序运行时所需要的所有文件。如果我们运行一个程序时出现失败，那么要么是在正确的位置上缺少程序运行时所需要的文件，要么就是程序运行所需要的文件不在正确的位置上。当提示缺少文件时，我们就应该想办法把正确的文件放置到正确的位置上。把正确的文件放置到正确的位置上的过程就是解决程序依赖性的过程。rpm、deb等都有很强的处理依赖关系的功能（有独立的数据库来处理程序、文件之间的依赖关系）。个人以为gentoo在处理依赖关系上做得最好。
学习linux是一个渐进的过程，是一个螺旋式上升的过程。在学习的最初阶段还是应该多多安装，安装不同的发行版，反复比较，直到找到自己所钟爱的那个发行版。 发行版的软件包安装后能直接在bash中找到相应的命令是因为软件包把执行文件复制或制作链接到/bin，/usr/bin，/usr/local/bin等位置，然后把库文件放在/lib，/usr/lib，/usr/local/lib等位置。这样bash通过定义的PATH可以搜索到执行文件。你使用tab可以补齐这个命令。
如果你自己编译安装，甚至自己编个HelloWorld，也同样做一个链接或复制到上述位置，你也可以在bash中“tab”出这个东西。
下面纯属YY：
也许某天能有这么一个玩意儿，能够识别rpm或deb或slk或emerge或tar包甚至bin包，可以把deb包按照rpm装文件的方式装到RedHat上。也可以把rpm包直接装到debian上。etc。
redhat/FC的用户可以直接给它配个apt源，用deb包装自己想要的dd；如果想升级系统，就配个gentoo源，机器开着让他emerge去。debian用户也可以用上些比较大的家伙（通常只提供rpm包的如DB2等等） |
楼主
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