1、结构上的区别
单片机是一种微处理器，类似于电脑CPU的，它一般采用的是哈佛总线结构，或者冯诺依曼结构，对单片机的编程很大程度上要考虑到它的结构和各个寄存器的作用，单片机用途比较广，一般用在控制流水线上，还有日 常你看得到的东西上!
FPGA 它的结构是查找表结构，其程序不用去太考虑芯片的结构，要注意的是时序上问题，它的结构比较复杂，功能也很强大，一般应用在通信领域等比较高端的场合，目前在国内FPGA还算是一个新兴的行业，当然它的价格也要比单片机贵得多!
单片机是一个微控制器，通过加载模块软件来实现某种功能，单片机是成型的芯片;FPGA是用来设计芯片的芯片。
2、速度上的区别
FPGA由于是硬件电路，运行速度直接取决于晶振速度，系统稳定，特别适合高速接口电路。单片机由于是单线程，哪怕是常用的M3系列流水线也是单线程执行，程序语句需要等待单片机周期才能执行。
3、本质区别
FPGA和单片机的区别，本质上是软件和硬件的区别，FPGA更偏向于硬件电路，而单片机更偏于软件。
FPGA是纯硬件，所写的‘程序’也就不能称之为程序，如果非要给它起一个名字，我感觉‘代码’也许是比较恰当的;其次，单片机和FPGA实现信息处理发出控制信号的方式不同，单片机和嵌入式是通过主函数或者操作系统实现任务调度的途径来响应各种外部条件触发，并通过‘软件’输出相应的状态来实现电子系统的正常工作，然而FPGA是通过纯硬件来实现各种激励的相应的，与单片机实现控制的根本方法不同。最后，单片机和嵌入式的软件设计会有盲点，再快的软件相应在现实应用中也会有出现盲点的时候，简单的说就是系统不能及时响应或者漏掉某些激励的现象，然而硬件不会，它以强大的并行方式来响应所有的信号激励，但硬件也不是万能的，
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