多层电路板与一般的电路板不同之处在于，多层电路板除了顶层和底层之外，还有若干中间层，这些中间层可以是信号层(mid layer)，也可以是内部电源/接地层(internal plane)。
中间层的作用与顶底层相似样，只是不能放置元件。内部电源/接地层为一层铜膜层，可以被分割成相互隔离的区域，每个区域铜膜都与特定的电源/地网络通过焊盘或过孔联通，其作用是可以简化电源和底网格的连线、减少线路阻抗、增强电源网络的抗干扰能力。
中间层的创建方法，可以通过专门的层设置与管理工具----layer stack manager（层堆栈管理器）实现，具体操作选择菜单命令【设计】/【层堆栈管理器】，在弹出的对话框内可以方便的设置需要的层。以四层板为例，设置的两个中间层分别为电源层（power表示）和地线层（gnd表示），所连接的网络号不设置。值得注意的是，对于四层板，一般的选择层的方式是信号层、电源层、地层、信号层。更好的选择层的方式是信号层、电源层、信号层、地层。
规划和设置好中间层，元件布局完成后，就可以进行内电层的分割，protel dxp 2004的内电层的分割比以前的版本简单和方便得多。具体操作方法，选择菜单命令【设计】/【pcb层次颜色】或者直接按快捷字母键l，即可调出【板层和颜色】面板，这样可以将不需要的层关掉（比如顶层、底层、其他中间层），显示需要的分割层，以电源层为例，将电源层【power】打钩以在pcb界面上显示“power”层。回到pcb操作界面，选择菜单命令【放置】/【直线】或者快捷键p/l，调出画线工具，选中要分割的电源焊盘（如vcc），形成一个闭合曲面，双击闭合的框，弹出对话框，选择分割出来的这个闭合区域所连接的网络（vcc）。一个分割好的内电层已完成，其他的电源网络（vdd）的操作类似。 | 
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