这个时钟怎么算的

主程序只跑
while(1)
{
PRT2DR ^= 0x40;
}

如图内部24M的时钟，却只输出约430KHz的方波，效率那么低吗？

while(1)
{
PRT2DR ^= 0x40;
}
翻译出来应该是
loop:
or reg[PRT2DR], 0x40
jmp loop

2条指令消耗些时钟周期，还有其他消耗，所以2.6口输出周期不是1/12M

是不是说它理想的周期只有1/12*24M=2M。
加上其他一些损耗，就连2M都达不到。是吗？

不是，没有其他损耗. 你设的cpu_clock 是12M,那么就是12M

我用8位PWM
    PWM8_1_WritePeriod(0xF);
    PWM8_1_WritePulseWidth(0x8);
这样的确可以输出3M的频率。

你这个小程序测出来的是翻转一个I/O所用的周期，不是PSoC 的CPU的时钟周期。
or, loop 分别消耗9，5个cpu_clock cycles.
这里你的cpu_clock cycle 是1/12M, 那么执行一次P2.6的翻转用时：1/12M x (9+5) = 7/6M 秒，你的430KHz的方波是翻转2次的频率，所以也就是2 x 7/6M 的倒数 大约428.57KHz.

看来它的 执行效率太低了，

PSoC 是基于M8C的核，4MIPS，PSoC3 是51的核，33MIPS, PSoC5 是ARM核