基于CPLD的频率计精度问题请教

最近在做一个小课题，用CPLD做一个200KHz量程的频率计，用信号发生器产生200K，高电平3V，低电平0V的方波信号作为输入。测量原理采用测频发，即单位时间内测信号个数。
程序原理图





CPLD开发板晶振48MHz,分频1S单位时间，测量输入信号上升沿个数。下载到芯片误差很大，200KHz的误差大概在20%左右。
同时用CPLD分频200K作为输入信号，就能精确测量，几乎没有误差，原理图如下所示。


48MHZ的CPLD开发板分频1S是稳定的吗？用示波器测过，基本稳定，但是隔一段时间会有一定波动，具体原因不详。
希望各位大神指点迷津。不胜感激！

用等精度测频  方法