针对一个项目，我一般这么做：
根目录建一级文件夹，名称用英文或者汉语拼音（不要用中文，有些开发平台不识别。）；
二级文件夹，包括元器件资料、各种参考资料、电路设计、程序、机械设计、其他。
元器件资料，各种芯片、元器件的pdf文档，如果种类多，可以继续分类存放，比如CPU类、运放类、AD/DA转换器类，等等。
参考资料，比如行业现状、通行的做法、有价值的技术文档等；
电路设计，完整的电路图，按时间顺序分v1、v2、v3不同版本，名称里加上年月日数字，最好有简单的说明文档，每个版本大概怎么回事，比上个版本有什么变化，为什么有变化；
程序，同样按时间分版本，注意名称，很多开发平台都不认识中文路径；如果可编程器件种类多，还应当分出来CPU、CPLD/FPGA。
机械设计，外壳、机械配件的设计图纸等；
其他文件夹，各种有用但没法分类的资料，都往里面塞吧。
最重要的，要养成做研发记录的好习惯，
调试时的软硬件环境，事情的来龙去脉，经验教训，电路图波形图，随意写，以后会有用的。
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楼主
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