楼主先要搞清楚有几种传输线模型，微带线和带状线，还有波导线，这几种的参考层各不相同，其应用场景也各不相同；
因为没有看到你的实际设计图形和叠层；只能这样给你解释：
板厂的理解为你设计的是带状线，所以要有上下两个参考层，S1的上参考层是GND1，下参考层默认就是GND2，但是你在S1的下一层设计了S2；这样的话也就是说S1就要参考S2，这就是回流路径最短原则；
如果楼主设计的是S1的上下参考层是GND1和GND2，那么这个就属于跨层参考，这里的话就要求S1的阻抗线不能和S2的阻抗线没有相交，否则会相互参考引起阻抗突变；
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楼主
